About the role
Description :<br><br><br>BAP<br><br>A<br><br>Missions<br><br>L’équipe d’Estelle Duprez, Biologie moléculaire intégrative dans les leucémies (Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrute un(e) Ingénieur(e) d’Etudes en bioinformatique pour faire de l’analyse bioinformatique de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire<br><br>L’équipe développe une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l’échelle de la cellule unique sur des modèles murins et/ou des cellules de patients leucémiques pour décrypter les mécanismes liés à la leucémie.<br><br>La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques des différents projets de l’équipe, elle sera amenée principalement à analyser des données de scRNA_-_seq avec un volet d’intégration multi-omics. L’objectif est d’étudier les corrélations entre les profils moléculaires et cellulaires en réponses à différents traitements afin de mieux comprendre les déterminants de la réponse/résistance thérapeutique.<br><br>Activités<br><br>principales<br><br>· Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données<br><br>· Réaliser le traitement des données<br><br>· Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études<br><br>· Adapter les applications informatiques aux besoins du projet<br><br>Activités<br><br>associées<br><br>· Encadrement et gestion de projet<br><br>· Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité<br><br> <br><br> <br> <br>Profil recherché :<br> <br> <br>Connaissances<br><br>· Avoir de bonnes connaissances de génomique et des notions de biologie du cancer<br><br>· Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications<br><br>· Connaissance de l’environnement Linux/Unix<br><br>Savoir-faire<br><br>· Maîtrise des outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés pour les analyses de données NGS (RNAseq/single-cell RNAseq)<br><br>· Maîtrise d’un langage de script (Python, Bash)<br><br>· Excellente maitrise de R<br><br>· Utilisation d’outils de versionning pour développement collaboratif (git)<br><br>· Utilisation de logiciel de conteneurisation (type docker ou singularity)<br><br>Aptitudes<br><br>· Travailler avec rigueur et méthode<br><br>· Des capacités d’encadrement et de gestion de projet sont également souhaitables.<br><br>· L'activité demande un bon niveau d'anglais (écrit et oral) pour échanger sur les résultats des analyses.<br><br>Spécificité(s) / Contrainte(s)<br><br>du poste<br><br> <br><br>Expérience<br><br>souhaitée<br><br>· Une première expérience en analyse NGS est souhaitée<br><br>Diplôme(s)<br><br>souhaité(s)<br><br>· Bac+5 / Master <br><br> <br>